북버지니아군이 항복하자 남군은 전의를 상실한다. 또한 북군의 관대한 항복 조건도 알게 된다.산발적으로 저항하던 남군도 차례차례 항복하기 시작한다.가장 마지막에 항복은 1865년 11월에 발생한다.남부해군이였는데 열심히 북부상선 격파하며 통상파괴작전을 수행하던 CSS 셰넌도어였다.1865년 6월경 CSS 셰넌도어는 북부 포경선을 나포한다.포경선 선원으로 부터 남북전쟁이 끝났다는 것을 알게 된다.CSS 셰넌도어의 함장 웨들은 북군에 잡히면 교수형 되는 것아니냐며 대서양을 가로 질러 영국으로 간다.1865년 11월에 영국 리버풀에 도착하고 여기서 영국군에게 항복한다.그는 나중에 미국으로 돌아와 영웅 대접을 받게 된다.최종적으로 섬터요새 포격전을 시작된 남북전쟁은 마지막으로 트랜스미시시피군이 항복하여 끝난다. 그 기간은 1861년 4월 12일 부터 1865년 5월 26일까지 였다. 북군 220만,남군 100만명 가량이 소집되었고 최소 62만명의 군인이 전사한다. 민간인도 100만명 가량이 사망한다.
남부의 수괴 제퍼슨 데이비스는 어떻게 되었을까? 남부 정부는 1865년 5월 5일 공식적으로 해산된다.데이비스는 4일 후 북군에게 체포되어 국가 반역죄로 기소된다.이 후가 골때린다.내란죄라서 사형당할 것 같았으나 3년만에 석방된다.연방정부에 충성서약도 한다.북부 입장에서는 데이비스를 중범죄로 처벌하면 남부에서 그를 순교자로 만들어서 저항할 가능성을 크게 보았다.데이비스도 재판장에서 남부연합 탈퇴의 정당성을 부여하는 전략을 구사하고 있었다.만일 재판에서 무죄라도 나오면 남부의 연방탈퇴가 합법이라는 어처구니 없는 결과도 배제하지 않을 수 없었다.여러 정치 계산으로 데이비스는 사면된다.1878년에는 버지니아 주 상원의원도 역임한다. 게다가 그는 정치 원로 대우까지 받는다. 링컨과 달리 데이비스는 천수를 누린다. 1889년 11월 6일 81세의 나이로 사망하고 남부에서 장례식이 성대히 치루어 진다.승자는 죽고 패자는 사는 아이러니가 발생하게 된다.
북부는 남부를 5개 권역으로 나누고 군사정부를 설치한다. 군정 사령관은 북부의 정치적 뜻을 잘 이해하고 노예해방을 찬성하는 인물로 선정된다. 군정은 남부 주가 노예 해방과 수정헌법 13조를 잘 따르는지를 감시하는 역할만 했다. 경제 재건과 통치는 남부 정부가 알아서 하는 체제였다.
링컨 사후 부통령 존슨이 대통령이 된다. 그는 링컨의 중도적인 재건안을 계승하려 한다.그러나 링컨 사후 모든게 틀어진다.공화당 급진파가 득세하더니 1866년 중간선거에서 공화당 급진파가 의회를 장악하게 된다.링컨은 재임 시절 중도적인 재건 계획을 세운다.연방을 중시했던 링컨은 남부 주의 빠른 복귀를 원했다. 연방 가입 조건을 대폭 낮추기로 한다.유권자가 10%만 찬성하면 연방에 가입할 수 있게 장벽을 낮춘 것이다.존슨도 이를 계승하려 했으나 공화당 급진파는 생각이 달랐다. 이 장벽을 50% 즉 과반수로 높인 것이다.공화당 급진파로써는 남부가 다시 이탈하지 않도록 충성서약이 필요했다.
남부 정치 상황은 매우 혼란스러웠다..이틈을 비집고 정치적으로 한 몫 챙기려는 카펫배거와 스캘러왜그가 등장한다.카펫배거(carpetbagger)는 전후에 출세를 위해 남부로 온 기회주의자 북부 출신 사람을 말하고 스캘러왜그(scalawags)는 남부인으로 북부를 지지하는 사람들을 말한다. 남부 입장에서 스캘러왜그는 변절자였다. 대표적인 사람이 롱스트리트였다.1868년 롱스트리트 포함 많은 남군 장교들이 사면된다. 롱스트리트는 공화당에 가입하여 그랜트 선거 운동에 앞장선다. 그 공으로 뉴올리언스 세관 감독관에 임명되고 북부의 요직을 거친다.이런 변절자 이미지 때문인지 훗날 남부의 많은 미 육군기지가 남부 장군 이름을 따서 쓰는데 롱스트리트 이름은 없다.문제는 이런 정치적 이득으로 온 사람들이 남부의 정권을 잡고 또 흑인들도 합세하면서 거꾸로 남부 백인들 설자리가 좁아지게 된 것이였다.
