북군은 버지니아군 사령관에 존 포프를 앉힌다. 남아있는 북군을 모아 북쪽에 진을 치게 된다. 맥클레런을 로버트 리가 몰아내긴 했으나 북쪽과 남쪽으로 북군이 남아있는 위험한 상태였다. 로버트 리는 활로를 뚫어야 했다. 맥클레런 성향을 파악한 로버트 리는 남쪽의 맥클레런은 움직이지 않을 것으로 판단하고 북쪽으로 활로를 뚫기로 한다. 혹시 포프와 맥클레런이 합류하여 리치먼드로 향하는 것을 막기 위해 각개격파하기로 하고 포프로 병력을 집중시킨다. 1862년 8월 20일부터 30일 까지 제2차 불런(매너서스) 전투가 벌어진다. 여기서 북군이 패하게 된다.
로버트 리는 이 기회에 워싱턴 D.C. 병참선을 치기로 한다. 방어력이 강한 수도보다 뒷 배후를 침으로써 북군에 압박을 가하고 리치먼드에 있는 북군을 약화시키기 위해서였다. 최선의 방어는 바로 공격이었고 바로 이를 실천한다. 북군의 주요 보급로인 볼티모어-오하이오 철도를 노리게 된다. 포프가 깨지자 북군은 사기가 꺾였다. 이를 수습할 인물로 조지 맥클레런이 또 등장하게 된다. 맥클레런은 병사들을 추스리는 달인이였다. 다시 한 번 맥클레런은 중책을 맡게 된다.
로버트 리가 이끄는 남군은 포토맥강을 넘어 메릴랜드로 진군한다. 강 도하할 때 스튜어트 기병대가 맥클레런군에 알짱대면서 기만전술을 펼쳐 남군은 포토맥강이라는 장애물을 넘는다. 로버트 리는 여기서의 전투로 남북전쟁을 끝내려는 욕심이 있었다. 메릴랜드에 노예 인구가 많아 환영을 예상했으나 실상은 정반대로 여기서 보급 문제가 생기게 된다. 그도 그럴것이 남군이 워낙 약탈을 많이한다는 소문이 퍼져 남군에 대한 인식이 매우 안 좋았다.게다가 아직 남군은 병력이 집결하지 않고 분산되어 있었다. 남군을 각개격파할 수 있는 순간이였다. 그러던 중 남군을 정찰하던 북군 병사가 남군의 명령서를 입수하게 된다. 이것은 로버트 리의 명령서였다.작전계획이 노출된 것이였다. 이걸 본 맥클레런은 이거 혹시 함정아니냐며 의심한다. 다시 여러 정황들을 보니 명령서대로 남군이 진행하는 것을 보고 그제서야 맥클레런은 움직인다.
남군 로버트 리는 북군의 신문을 정기적으로 구독하고 있었다. 남북전쟁 당시 신문으로 군사작전이 노출된 적이 많았다고 한다. 북군 전쟁부도 이런 사실을 알고 분노하나 언론은 국민의 알 권리를 침해하고 언론 탄압한다며 극렬히 저항한다. 아무튼 로버트 리는 작전 노출 사실을 알아버리고 흩어진 남군을 샤프스버그로 집결시킨다. 여기 지형을 보면 우리나라 두물머리 비슷하게 되어있다.남군 앞에는 앤티텀 개울이라는 작은 개울이 있고 뒤에는 포토맥강이 있어서 자칫 전투에서 지면 작살나는 배수진 위치였다.
남군은 병력을 집결시키느라 어수선했다. 북군은 이 기회를 놓치고 살금살금 남군에게 접근한다. 먼저 북부의 후커가 움직인다. 후커는 포격으로 생긴 연기로 병사들이 자기를 못 볼까봐 백마타고 지휘를 한다.이러면 샤프슈터(저격병)의 타겟이 될 수 있었다. 후커군은 코 앞의 옥수수밭으로 들어가게 된다. 남군도 이 옥수수밭으로 들어간다. 옥수수가 무성하게 자라 거의 키만큼 자라있었고 시계가 안좋았다. 서로 마구 총질을 하기 시작했다. 이 과정에서 엄청난 사상자가 발생하게 된다. 게다가 여기에 캐니스터탄까지 사용되어 그 피해를 더 키우게 된다. 이 상황을 모르고 맨스필드 군이 투입된다. 다시 옥수수밭에서 대량 사상자가 발생하고 맨스필드 장군은 남군 저격수 총에 맞아 전사한다.
북군은 이번에 중앙을 때린다. 남군은 기다린다. 북군은 착검하고 돌격을 한다. 남군은 기다리고 있다가 일제 사격으로 응수한다. 북군은 아수라장이 되고 도망가는데 여기에 변수가 생긴다. 후방에 신참부대가 대기하고 있었는데 후퇴하는 북군을 남군으로 착각 아군에게 총질을 한다. 여기에 사상자가 얼마나 많았던지 피의 통로로 불려지게 된다.
북군은 이런 피해를 보고 나서야 포병을 동원하기 시작한다. 왜 진작 포병을 안썼느냐는 의견이 있을 수 있다. 하지만 당시에 포를 옮기는 작업을 그리 쉬운 일이 아니였다.이 압도적인 화력에 남군은 병력을 뒤로 빼게 된다. 이 때 보병을 동원해 남군을 추격하고 병력을 더 투입해야 했다.맥클레런에게 프랭클린군과 포터군으로 불리는 예비대가 있었으나 이를 투입하지 않는다. 이유는 있었다. 남군 롱스트리트가 후방을 치기 위해 군을 이동시킨 것이였다. 가는 중에 북군을 만나는데 무방비 상태였다. 북군은 항복하고 롱스트리트는 너희들 잠깐만 기다려 하고 목표를 향해 돌진한다.항복한 북군 총도 안뺏는다. 어째든 이 공격은 실패한다. 그러나 예비대 투입을 저지시키는 효과가 있었다.
맥클레런은 9군단 사령관을 갑자기 번사이드로 교체하고 남군의 우익을 치게한다. 맥클레런 생각에는 여기저기 찔러서 남군을 오락가락하게 하는 전략인 것이다. 남군은 로어교 주변에 병력을 깔아놓고 북군을 기다리고 있었다. 번사이드는 로어교를 건너 남군을 치러간다.북군이 다리를 건너자 남군 포대가 일제히 불을 뿜는다. 북군은 다리밑으로 몸을 피하고 포병을 동원한다. 남군은 포격전을 하기에 탄약 부족했다. 북군이 남군 우익을 무너뜨릴 찰나 A.P. 힐이라는 또 하나의 남군 영웅이 나타난다. A.P. 힐은 북군 옷으로 갈아입고 북군에 맞선다. 하필이면 여기서 신병연대가 또 사고를 친다. 아군에다가 또 총질을 하고 A.P. 힐도 여기에 힘을 보탠다.
A.P.힐이 열심히 싸운 이유가 있다고 전해지는 이야기가 있다. 원래 남북전쟁 직전 A.P. 힐은 엘렌 마시라는 여성과 교제하고 결혼도 약속한다. 그러나 부모의 반대로 헤어지게 된고 엘렌 마시는 맥클레런에게 시집간다. 나의 여인을 뺏어간 맥클레런에게 진다는 것은 있을 수 없었다. 로버트 리는 이 여세를 모아 포병 전력을 모아 다시 한번 북군에게 도전한다. 하지만 화력전은 15분만에 북군의 승리로 끝난다.앤티텀 개울에서 벌어진 모든 전투에서 북군의 병력 손실은 12000여명이고 남군은 10000여명이였다. 퍼센트로 따지면 남군은 거의 괴멸 상태였고 북군은 축차 투입을 한 탓인지 그나마 전투병력이 남아있었다. 놀랍게도 전투병력 중 1/3 가량은 총도 쏘지 않았다. 맥클레런은 만족하며 승전보를 상부에 보고한다. 북부 해군 장관은 지금 남군을 추격해서 괴멸시키지 않고 뭐하냐고 맥클레런을 질책한다. 로버트 리는 무사히 후퇴하게 된다. 맥클레런은 애처가라서 아내에게 편지를 보내 승전을 자랑하고 옛 연인인 A.P. 힐을 살려줬다고 알려준다. 북군이 이긴 것처럼 보이나 상대적으로 병력 열세였던 남군이 꽤 선전했다고 할 수 있는 전투였다.
